南澳总兵府是一处著名的历史文化遗址，它始建于明朝万历四年(公元1576年)，后因大地震破坏，原貌大部分消失。县委县政府委托古建专家按明清风格重新设计复建，现成为南澳岛一处知名景点。
南澳总兵府位于深澳镇大衙口，驾车可从青澳湾继续逆时针走环岛路，或者从雄镇关往北走山间的公路。总兵府最初建于明万历四年(1576)，后经多次修缮而成。
明清时海禁很严，朝廷限制愈厉害，民间走私活动愈猖獗。加上外有倭寇的侵扰，内有海盗盘踞，朝廷派驻的士兵越来越多，南澳的规格也逐步升级，最后成为管制闽粤台的重要军事基地。资料称，明清两朝到南澳上任的总兵、副总兵共有157任147人，其中包括戚继光、俞大猷、郑成功、刘永福等赫赫有名的将领。
总兵府作为历史文化景点有三大特点：一是资源的稀缺性。它是全国唯一的海岛总兵府。二是历史文化的内涵丰富。明、清二朝300多年间，有173位正、副总兵赴任，民族英雄如刘永福也曾任南澳总兵官，郑成功曾在岛上举义旗，留下招兵树。三是对台关系意义深远。南澳总兵府自康熙二十四年起，负责闽粤二省及台湾、澎湖海防军务，成为台湾是中国不可分割一部分的重要历史见证。1999年，汪道涵先生上岛考察工作时欣然题字“闽粤总镇府”。
总兵府前现遗存有八千斤、六千斤土炮各一尊。据炮上铭文，是清代道光二十年(1840)铸造，两尊炮原分别架设于深澳草寮尾和深澳东门外，1984年移放于此。总兵府右侧院墙上镶嵌着二十三块历代南澳保存的古碑，其中一块是中国最早的港务约法，一块税务碑，具有重要的历史文物价值。
府内的建筑“虎节堂”，堂内悬挂“东南砥柱”匾和猛虎图一幅，均为近年重建的新品，两旁展室也乏善可陈。
景区门票10元。
