泉州清净寺特点是极具伊斯兰教风格建筑，清净寺是阿拉伯穆斯林在中国所创建的最为古老的伊斯兰教寺，1961年，清净寺被国务院列为首批全国重点文物保护单位，20世纪90年代列为“中国十大名寺”中唯一入选的伊斯兰教清真寺。
清净寺占地面积2184平方米，整体为石构建筑，仿照叙利亚大马士革伊斯兰教礼拜堂的建筑形式，具有伊斯兰教清真寺在功能空间上大分散、小集中特点。留存主要建筑为门楼、礼拜殿、明善堂等部分。
现在的清净寺是一片废墟，但是高耸的阿拉伯式门楼轮廓依在。现存主要建筑有大门楼、奉天坛和明善堂。它是阿拉伯穆斯林在中国创建的现存最古老的伊斯兰教寺。
清净寺自创建以来，一直受到泉州群众保护。公元1407年明成祖颁发的保护穆斯林和清真寺的《敕谕》碑刻，至今完好无损地嵌安于寺北墙壁上。
